民用航空局（下稱民航局）為加強機場設施服務，收取出境航空旅客之機場服務費。審計部交通建設審計處查核發現，現行機場服務費收費對象，僅及於出境旅客，至過境轉機旅客，並未收取該項費用，經函請檢討改善，已妥訂收取過境旅客機場服務費辦法及標準，持續優化機場設施及提升旅客服務品質。
審計處指出，依發展觀光條例第38條第1項規定，為加強機場服務及設施，發展觀光產業，得收取出境航空旅客之機場服務費。我國現行機場服務費係由航空公司向出境旅客收取後繳付交通作業基金，並依該基金收支保管及運用辦法第10條規定，分配支用於民航服務及觀光發展。
然而，審計處於111年11月查核發現，現行「使用國營航空站助航設備及相關設施收費標準」及「桃園國際機場股份有限公司經營機場專用區設施收費基準」，並未訂定過境轉機旅客設施使用等費用，惟該等旅客亦使用機場資源，包含旅客及貨物通關查驗機制、候機室空間、機場服務設施等，皆須動用相當人力、設備與成本。鑑於鄰近國家標竿機場已向轉機過境旅客收取相關費用，審計處遂於111年11月函請民航局研謀改善。
審計處表示，經112年9月追蹤改善情形，民航局已會同桃園國際機場股份有限公司研議相關作業規範，並於112年2月15日及3月23日分別報經交通部核定修正「桃園國際機場股份有限公司經營機場專用區設施收費基準」及「使用國營航空站助航設備及相關設施收費標準」，自112年3月31日起向過境旅客收取轉機過境設施使用費500元，截至112年6月底止，已收取1億6,206萬餘元，落實使用者付費原則，有助持續優化相關軟硬體設施設備，提升旅客服務品質。