國軍各軍種司令部提交軍購案發價書修調文件時，須經國防部採購、主計等相關部門審查後遞交美方，經審計部查核發現，空軍將愛國者系統後勤勤務軍購案餘款轉用於增購數量、技術服務範圍不明確之品項（非特定需求工項），經函請檢討改善，已於110年10月26日修正國軍採購作業規定，強化審查機制，並檢討調降軍購案非特定需求工項採購金額，以善用國防預算資源。
審計部指出，對美軍購案發價書修調前，須經國防部採購、主計等相關部門核實審查核定後，發價書始得遞交美方簽署，以維護對美軍購採購紀律。
然而，審計部查核發現，空軍將愛國者系統後勤勤務軍購案之餘款，以修訂發價書方式轉用於增購「非特定需求工項」計487萬餘美元，未依國軍採購作業規定明訂支用範圍與條件，且國防部相關單位未核實審查即予核定，審計部遂於110年6月函請國防部檢討研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，國防部已於110年10月26日修正國軍採購作業規定，如需新增非特定需求工項，須經原計畫核定權責單位同意，並要求屬後勤維持之軍購案避免適用非特定需求工項。另截至112年7月底止，已完成發價書修訂，調降上述愛國者系統後勤勤務軍購案之非特定需求工項採購金額，並清查調降其他列有非特定需求工項之軍購案發價書總值，業已完成部分軍購案之餘款退匯繳庫作業，共計新臺幣3億7,628萬餘元，以善用國防預算資源。