新竹縣政府(下稱縣政府)為加強規範對民間團體與個人補(捐)助案件經費之作業、考核及管制事宜，已訂定新竹縣政府對民間團體與個人補(捐)助經費作業及管考注意事項。經審計部臺灣省新竹縣審計室查核發現，縣政府未積極運用民間團體補捐助系統（下稱CGSS系統）辦理登錄及查詢作業，及部分規範尚待依會計法並參照中央規範修訂，經函請檢討改善，已督導所屬全面運用CGSS系統，並修正相關作業規範。
審計室指出，行政院主計總處於110年訂定「民間團體補(捐)助系統查詢及登錄作業」，規定各機關應於受理補(捐)助申請案件後登錄相關資料於CGSS系統，同年並修正「中央政府各機關對民間團體及個人補(捐)助預算執行應注意事項」，部分內容係依會計法規定重新檢討補(捐)助經費支用單據性質非屬機關之原始憑證，刪修訂部分文字。
然而，審計室於111年3月查核發現，縣政府未積極運用CGSS系統辦理登錄及查詢作業，110年度僅登載4筆案件，另部分單位現行補(捐)助民間團體規範，仍規定檢附結報之支出憑證，應依政府支出憑證處理要點規定辦理，審計室遂於111年6月函請縣政府檢討研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府運用CGSS系統登錄補（捐）助累計案件，111年度達1萬餘筆，112年度截至8月底止達5千餘筆，並已參照會計法及中央修訂之規定，修正「新竹縣政府推展原住民族教育文化補助要點」等11項法規，以提升補助經費運用效益及強化監督機制。