嘉義市政府(下稱市政府)推動公庫集中支付電子化作業，經審計部臺灣省嘉義市審計室查核發現，市政府所屬地方教育發展基金專戶常年存有鉅額存款，經函請審酌收支情形妥為規劃運用，已增訂借貸辦法並實施基金間資金調借，提升財務運用效能。
審計室指出，參照強化特種基金預算管理提升營運效能方案貳、三(四)規定，非營業特種基金之現金或銀行存款比重偏高者，主管機關應請各基金配合設置目的及業務需求，妥為規劃運用，以提升整體財務效能。市政府為靈活市庫資金調度，陸續將所屬地方教育發展基金、交通作業基金、都市發展更新基金等特種基金納入公庫集中支付範疇。
然而，審計室於110年及111年4月查核發現，市政府所屬地方教育發展基金專戶107至109年底銀行存款介於10億餘元至13億餘元之間，常年存有鉅額存款，資金管理及運用效能有待提升，審計室遂於110年及111年6月函請市政府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，市政府已於110年12月將地方教育發展基金專戶內4億6,500萬元調借予都市發展更新基金，以支應嘉義市區鐵路高架化計畫自籌款，並於112年7月修正地方教育發展基金收支保管及運用辦法，增訂借貸規範，健全管理機制，經統計地方教育發展基金111、112年度各增加利息收入161萬餘元、142萬餘元，提升財務運用效能。