行政院國家科學技術發展基金(下稱科發基金)管理會辦理已結案跨部會署科技計畫及研發成果收入運用計畫等補助計畫實地查核作業，經審計部查核發現，實地查核比率偏低，且科發基金管理會補助作業規範(下稱補助作業規範)未配合行政院主計總處(下稱主計總處)函文修正，經函請管理機關前科技部(現改制為國家科學及技術委員會)檢討改善，已提升實地查核比率，並修正補助作業規範，有利考核經費運用及遂行查核作業。
審計部指出，依據108年12月2日修正之補助作業規範第7點規定，補助計畫之原始憑證由計畫主持人任職機構保管為原則，如需變更留存地點，應檢附原始憑證留存地點變更對照表辦理變更；科發基金管理會每年應辦理該會補助計畫之實地查核作業，且實地查核之抽查計畫補助金額應達當年度總補助金額之5％以上。
然而，審計部於111年4月查核發現，106至109年度科發基金已結案補助計畫實地查核金額僅占各該年度總補助金額之0％至4.7％，均未達補助作業規範規定之5％；另主計總處依會計法第52條規定檢討，已於110年9月函知各機關(單位)，應以受補(捐)助對象開立收據作為原始憑證，至受補(捐)助對象執行經費之支用單據則非屬補助機關之原始憑證，惟前揭補助作業規範尚未配合修正，審計部遂於111年6月6日函請前科技部督促加強辦理，並檢討修正相關規定。
審計部表示，經追蹤改善情形，科發基金管理會已加強辦理補助計畫實地查核作業，並於112年6月28日完成110年度以前之補助計畫實地查核作業，106至110年度實地查核比率介於5.04％至7.92％之間，均已提升，另已於111年9月16日修正發布補助作業規範，將原始憑證相關內容修正為支用單據之處理，有利考核經費運用及遂行查核作業。