國家科學及技術委員會（下稱國科會）所屬科學園區管理局為防治科學園區水污染並維護污水下水道系統正常操作，訂定各科學園區污水下水道系統納管水質標準及使用費之水質分級、分級費率、計算公式、收費項目及單價表，經審計部查核發現，各園區管理局近年辦理污水處理廠功能提升工程，卻未重新檢討污水下水道使用費計價基準，經函請國科會督促研謀改善，中部及南部科學園區管理局（下稱中科及南科管理局）已檢討調整收費分級及費率，或已研提納管及收費標準草案洽廠商協商中，有助提升營運績效。
審計部指出，各園區管理局近年因應放流水管制標準加嚴，陸續辦理污水處理廠功能提升工程，並持續進行其他污水處理設施及管線更新改善工程，109至111年度相關工程發包經費計31億5,128萬餘元，其污水處理廠工程費及折舊費用應列入污水下水道使用費計收。
然而，審計部查核發現，除新竹科學園區管理局已於110年3、4月間陸續修正轄管園區之污水下水道使用費計價基準，中科及南科管理局僅分別於105年7月及12月因應行政院環境保護署之氨氮排放加嚴標準，調整氨氮收費分級及費率，尚未通盤檢討污水下水道使用費計價基準，審計部遂於112年1月31日函請國科會督促檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，中科管理局已於112 年 5 月 26 日公告修正臺中、虎尾等5處科學園區污水下水道系統納管水質標準及使用費之水質分級、分級費率、計算公式、收費項目及單價表，依據園區產業特性調整污水量、化學需氧量、懸浮固體等單價收費；另南科管理局已研提收費標準草案，預計112年底前完成修正公告，有助提升營運績效。