嘉義縣政府制定嘉義縣牡蠣養殖區劃漁業權管理自治條例，經審計部臺灣省嘉義縣審計室查核發現，該自治條例未納管浮筏式蚵棚，且未研訂海域使用費收費基準，經函請檢討改善，已修正上揭自治條例，將各類牡蠣養殖納入管理，並增訂海域使用費收費基準，落實使用者付費原則，保障漁民權益。
審計室指出，據行政院農業委員會漁業署漁業統計年報載列，109年度嘉義縣淺海牡蠣養殖面積計2,862.7公頃，產量8,630公噸，高居全國第一，為縣內重要的漁業產業，攸關漁民生計甚巨。嘉義縣政府為促進沿岸海域之合理有效利用，建立漁民使用公有海域養殖之合理制度，維持淺海養殖業之正常發展，於99年8月制定嘉義縣牡蠣養殖區劃漁業權管理自治條例。
然而，審計室於104年11月及107年11月查核發現，嘉義縣沿岸水域之淺海牡蠣養殖方式主要分為平掛式(固定式，含棚架垂下式)及浮筏式(非固定式)等2類，其中以浮筏式養殖為大宗，惟上開自治條例僅就平掛式之登記及申報作業納入管理，卻因稽查人力不足及浮筏式管理不易，未將浮筏式納入區劃漁業權管理，且遲未研訂海域使用費收費基準，審計室遂於105年1月及108年1月函請嘉義縣政府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，該府已於109年1月22日修正上開自治條例，將各類牡蠣養殖納入管理及保障，並增訂海域使用費收費基準。據該府統計，自109年1月22日至111年7月底止，收取平掛式海域使用費計73萬餘元，及浮筏式海域使用費計591萬餘元，共計664萬餘元，增裕庫收，落實使用者付費原則，並使浮筏式牡蠣養殖者符合漁業天然災害救助資格，保障漁民權益。