臺南市政府衛生局(下稱衛生局)辦理補助新生兒篩檢費用，經審計部臺南市審計處查核發現，部分醫療院所未按時寄送檢體，影響檢體送驗時效，經函請檢討改善，已督促轄內醫療院所按時寄送，以利陽性個案及早發現與治療。
審計處指出，衛生局為篩檢及早發現與治療先天性代謝異常疾病之新生兒，補助設籍臺南市新生兒相關篩檢費用，由醫療院所採取新生兒腳跟血液製成血片，寄交中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所(下稱檢驗所)進行篩檢。依新生兒篩檢採集執行注意事項規定，血片於採血後24小時之內，以限時掛號或快捷寄送，採血日與篩檢合約實驗室收到案件日勿相差超過2日。新生兒先天性代謝異常疾病篩檢作業手冊(採集機構版本)亦載列，檢體時效不佳係指採血日期與收到日期差距3日以上。
然而，審計處於110年10月查核發現，110年1至8月臺南市轄內醫療院所寄交檢驗所之新生兒初篩個案數計6,713案，採集血液檢體之採血日期與檢驗所收到日期相差超過2日者計252案，平均每月約31案，其中超過3日者計28案，審計處遂於110年12月函請衛生局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，衛生局自111年1月起，已加強督促轄內之醫療院所按時寄送檢體，避免檢體時效不佳。經統計111年3至6月寄交檢驗所之新生兒初篩個案數計2,879案，受週休二日或連假之影響，採血日期與收到日期相差超過2日之個案數計41案，其中僅4案超過3日，有效提高送驗時效，俾利陽性個案新生兒及早發現與接受治療。