金門縣稅務局(下稱稅務局)辦理離島免徵使用牌照稅車輛清查作業，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，仍有部分金門地區適用離島免稅之車輛越區行駛，致有使用牌照稅短徵情事，經函請檢討改善，已補徵使用牌照稅21萬餘元，並請船運公司及海巡機關按月提供車輛託運資料，以加強控管離島免稅車輛移出金門使用情形，維護租稅公平。
審計室指出，依使用牌照稅稽徵作業手冊第5章第3節二、(二)規定，離島免稅車輛託運之查核，洽請船運公司或海巡署提供車輛託運資料，經核對無誤後，自託運日起恢復課稅。
然而，審計室於110年12月查核發現，稅務局雖按月與海巡機關核對輸運臺灣之車輛牌照號碼，惟因海巡機關係採抽查方式辦理檢查致部分資料缺漏，復因該局並未洽請船運公司提供車輛託運資料，致未能全面掌握離島免稅車輛實際使用地點，肇致107年1月至110年11月間計有58輛離島免稅車輛於臺灣辦理驗車作業，使用牌照稅顯有短徵情事，審計室遂於111年1月函請稅務局補徵並研謀改善措施。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至111年6月底止，稅務局計補徵43輛車，金額21萬餘元，其餘15輛查無應補徵情事，另已請船運公司及海巡機關按月提供車輛託運至臺灣之資料，以加強控管離島免稅車輛移出金門使用情形，維護租稅公平。