前臺南縣政府（縣市合併後相關業務由臺南市政府觀光旅遊局承接）為促進龜丹溫泉發展、保育及永續利用，提振地區觀光事業，增進公共福祉，自94年起規劃開發龜丹溫泉區，100年1月28日依溫泉法規定取得開發許可，交通部於101年12月5日核定「臺南市（龜丹）溫泉區管理計畫」，劃設面積約82公頃，預計興建500噸溫泉儲存槽、5.5公里公共溫泉取供管路及溫泉體驗池，於94至104年間計投入開發成本4,658萬餘元，興建龜丹溫泉取供設施、儲存槽及溫泉體驗池。審計機關職司財務效能之考核，審計部臺南市審計處為瞭解臺南市龜丹溫泉規劃、開發及營運管理情形，爰於106年間派員辦理調查，核有該溫泉區開發未依規定擬具財源籌措方案即進行相關工程，嗣因財源不足致未達開發計畫之經濟規模，未能吸引遊客前來及溫泉業者進駐投資，溫泉水產能設施利用率未及6％，經營效能過低，經審計機關促請臺南市政府研謀妥處，該府已積極研擬行銷推廣對策，製作相關溫泉商品，提升龜丹溫泉之能見度，達成活化目標，園區經營狀況已持續改善。

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