桃園市政府經濟發展局（下稱經發局）輔導轄內未登記工廠合法化，經審計部桃園市審計處查核發現，部分營業中未登記工廠尚未納管，且待輔導改善家數頗巨，經審計處函請檢討改善，經發局已全面清查未登記工廠現況並辦理輔導納管作業。
審計處指出，為解決農地工廠問題，行政院於108年修正工廠管理輔導法，規範屬105年5月19日前存在之低污染農地工廠（下稱既有低污染農地工廠），可於工廠管理輔導法修正施行日起2年內（111年3月21日前）申請納管，經發局為加速推動未登記工廠輔導及納管，獲經濟部補助672萬餘元辦理轄內未登記工廠全面清查計畫。
然而，審計處查核發現，截至109年9月底止，桃園市轄內列管未取得工廠登記證之工廠計2,943家，經以電腦軟體、行政院農委會農業及農地資源盤點結果及營業稅與房屋稅籍資料等分析市轄內未登記工廠納管情形，核有4,740家營業中未登記農地工廠尚未納管。又截至111年4月底止，仍有1,377家既有低污染農地工廠已逾輔導期限惟迄未申請納管。鑑於未登記工廠有公共安全及環境污染疑慮，為落實工廠管理，審計處遂分別於110年4月及111年4月函請經發局全面清查列管並輔導改善，及依規辦理逾期未申請納管工廠後續稽查及裁處作業，以導正現況並輔導合法化。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至111年5月底止，已全面清查完畢，其中輔導改善及受理納管申請4,055家，核准1,815家、駁回或撤件697家，其餘1,543家尚在審核中，依法收取納管輔導及營運管理金計3億5,926萬餘元；另尚有1,082家列管未登記工廠已逾納管輔導期限，將依分級分類方式辦理稽查及裁處。