南投縣政府(下稱縣府)辦理補(捐)助民間團體經費審核業務，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，縣府尚未介接使用行政院開發之民間團體補(捐)助系統(下稱CGSS系統)，無法有效掌握不同機關間對同一補(捐)助團體之補助情形，經函請檢討改善，已介接使用CGSS系統，強化經費審核效能。
審計室指出，縣府為加強對民間團體及個人補(捐)助案件經費之考核、管制，提升補(捐)助業務管理效益，訂定南投縣政府對民間團體及個人補捐助預算執行應行注意事項，並於103年12月建置「人民團體補助經費查詢系統」供所屬各單位上線使用。
然而，審計室於108年11月查核發現，107年度縣府社會及勞動處等11個單位對轄內民間團體補(捐)助金額達13億餘元，金額龐鉅，僅有縣府社會及勞動處使用「人民團體補助經費查詢系統」登錄人民團體補(捐)助案件資料，非營業基金補助案件亦未填報，無法掌握同一團體有無向多個機關申請補(捐)助或不同機關間對同一計畫之補(捐)助金額等情形，審計室遂於108年11月函請研議介接使用CGSS系統之可行性。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣府已自110年1月起介接使用CGSS系統，並於110年12月15日修正南投縣政府對民間團體及個人補捐助預算執行應行注意事項，明定所屬各單位對民間團體之補(捐)助資訊，應登載於CGSS系統。經統計110年1月至111年5月共登載3,508件，撥款金額計2億8,969萬餘元，以利查詢補助資訊，強化經費審核效能。