苗栗縣政府(下稱縣府)辦理轄管商業登記業務，經審計部臺灣省苗栗縣審計室查核發現，部分設籍苗栗縣且每月銷售額已達營業稅起徵點之獨資或合夥營利事業組織未依規定辦妥商業登記，經促請檢討改善，已陸續清查並輔導業者補辦商業登記，健全商業登記管理作業及維護商業秩序。
審計室指出，依商業登記法規定，所稱商業，指以營利為目的，除非屬本法第5條第1項規定之各款小規模商業外，以獨資或合夥方式經營之事業，非經商業所在地主管機關登記，不得成立；未經設立登記而以商業名義經營業務或為其他法律行為者，商業所在地主管機關應命行為人限期辦妥登記。
然而，審計室於106年10月查核發現，截至106年9月底止，縣府列管存續中之商業登記清冊，與財政部中區國稅局列管設籍苗栗縣且每月銷售額已達營業稅起徵點之獨資或合夥營利事業組織登記商號清冊勾稽結果，轄內未依規定辦理商業登記之營利事業組織計1,797家，審計室遂於107年1月函請縣府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至111年3月底止，縣府已清查1,341家，其中已輔導業者補辦商業登記者計1,097家，其餘屬小規模商業免辦登記者計69家、非營業中(含註銷)者計175家，餘456家陸續清查中，有效健全商業登記管理作業及維護商業秩序。