屏東縣政府財稅局(下稱財稅局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，間有課徵田賦或減免地價稅之土地，未依實際使用情形改課或恢復徵收地價稅，或房屋建物未設籍並課徵房屋稅等情事，經函請檢討改善，已釐正稅籍資料，依法改課(補徵)地價稅及房屋稅計622萬餘元，維護租稅公平。
審計室指出，財政部80年11月28日台財稅第800421421號函示，原課徵田賦(自76年第2期起停徵)之土地，部分變更為非農業用地使用，依法應改課地價稅者，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅。土地稅減免規則第29條規定，減免地價稅原因事實變更(消滅)時，應向主管稽徵機關申報恢復徵稅。房屋稅條例第7條規定，納稅義務人應於房屋建造完成後，向主管稽徵機關申報房屋稅籍。財稅局為維護租稅公平，每年研訂計畫辦理地價稅、房屋稅等稅籍及使用情形清查工作。
然而，審計室於109年10月運用地理資訊系統(QGIS)套疊分析財稅局稽徵檔案與內政部國土測繪中心圖資，發現部分課徵田賦土地非作農業使用，或土地減免地價稅原因事實有變更(消滅)，或部分附著於土地之房屋建物未設立房屋稅籍，涉有未依規定核課地價稅或房屋稅情事，審計室遂於110年1月函請財稅局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，財稅局已於110年11月完成清查工作及釐正稅籍資料，依法改課(補徵)地價稅及房屋稅計104筆、622萬餘元，該局並派員赴審計室進行QGIS查核技術交流，共同維護租稅公平。