臺南市政府農業局(下稱農業局)推動漁港功能多元化政策，將轄管下山漁港轉型為觀光漁港，並結合業者推出「船筏遊潟湖」之觀光行程，經審計部臺南市審計處查核發現，下山漁港碼頭設施簡陋且護岸殘破，存有安全風險，該港區未配合觀光發展需求，辦理周邊環境整頓及興建休閒化之漁業岸上設施，經函請檢討改善，已完成重建魚貨市場及修繕港區護岸，並增建2座浮動碼頭，改善整體港區環境，提供遊客優質及安全之觀光場所。
審計處指出，農業局近年來為因應國人休閒需求，並為漁民帶動新經濟契機，推動漁港功能多元化政策。下山漁港於85年興建完成，碼頭長度559公尺、水域約0.75公頃，最大設籍停泊漁船筏計100艘，主要作為從事潟湖漁撈及牡蠣養殖漁民漁作舢筏之港區，100年縣市合併後逐漸轉型為觀光漁港，並結合業者經營在地生態旅遊，推出「船筏遊潟湖」之觀光行程。
然而，審計處於109年3月查核發現，下山漁港僅於碼頭後方搭建鐵皮棚架供遊客候船及餐飲休息，另於岸邊搭設簡易上下船設施，且護岸殘破，或有蚵殼、廢棄物堆置岸邊等情形，有礙環境景觀及遊客安全，該港區未配合觀光發展需求，辦理周邊環境整頓及興建休閒化之漁業岸上設施，審計處遂於109年5月函請農業局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，農業局已向行政院農業委員會漁業署爭取補助經費，於110年底完成重建魚貨市場及修繕港區護岸，並增建2座浮動碼頭，營造高品質觀光漁港環境並提供遊客舒適安全的搭船空間。