財政部為確保金融機構遵循國際新資訊透明標準執行稅務用途資訊之審查及申報作業，訂定「檢查申報金融機構執行共同申報及盡職審查作業程序」（下稱檢查作業程序），作為檢查機關(即稅捐稽徵機關)執行金融機構檢查作業之遵循標準，經審計部查核發現，該作業程序未明確規範受查金融機構之選查標準、家數及抽核比率等，影響監管成效，經函請研謀改善，財政部已修正檢查作業程序，提升行政效能。
審計部指出，財政部基於互惠原則執行稅務用途金融帳戶資訊交換予租稅協定夥伴國，於106年11月發布施行「金融機構執行共同申報及盡職審查作業辦法」(Common Reporting Standard,下稱 CRS作業辦法)，規範金融機構應配合執行稅務用途金融帳戶資訊之盡職審查及申報作業。嗣為確保金融機構遵循CRS作業辦法盡職審查及於每年6月向稅捐稽徵機關申報上一曆年度稅務用途金融帳戶資訊等，於108年7月訂定檢查作業程序，規範稅捐稽徵機關應依國際標準程序檢查申報金融機構執行情形，以強化我國傳送租稅協定夥伴國資訊之正確性及完整性。
然而，審計部109年10月查核發現，檢查作業程序規範稅捐稽徵機關應評估申報金融機構風險後，按書面或實地方式辦理檢查作業，惟對於受檢金融機構之選查標準、選查家數及抽核比率暨管考機制等，卻未詳予規範，影響檢查作業之執行成效，審計部遂於110年1月函請財政部研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，財政部已參考國際組織與其他國家發布遵循指南，於110年9月3日修正檢查作業程序，規範稽徵機關應依轄區特性訂定檢查計畫報財政部備查，包括風險基礎選查標準、選查比率或家數、檢查方式及檢查期程等，俾符合國際新資訊透明標準執行程序，並於111年3月25日召開協調工作會議研商一致性之檢查期程，以落實稅務用途金融帳戶資訊交換機制。