高雄市政府衛生局(下稱衛生局)掌理高雄市傳染病防治業務並協調其他機關共同執行相關防疫措施，經審計部高雄市審計處查核發現，疑有日租套房反覆收住居家檢疫個案，或居家檢疫者入住非防疫旅館，且尚未研訂日租套房防疫管控措施，橫向溝通及防疫管控作業未臻周延，經函請檢討改善，已依法裁處、加強防疫旅館及日租套房之聯合稽查並訂定日租套房之防疫管控措施，增進防疫成效。
審計處指出，為因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情蔓延，居家檢疫及隔離人數遽增，中央流行疫情指揮中心宣布自109年3月19日起所有入境者需居家檢疫14天，且交通部公告自同年9月30日起非防疫旅館不得收住居家檢疫及隔離者。衛生局及高雄市政府觀光局(下稱觀光局)共同審查防疫旅館業務與轉銜防疫旅館入住服務，居家檢疫關懷訪視則按國籍分由高雄市政府民政局、警察局外事科權管，倘發現違規者，由權管單位通報衛生局依法裁處並限期改善。
然而，審計處於109年11月查核發現，疑有日租套房反覆收住居家檢疫個案，或居家檢疫者入住非防疫旅館，且未善用跨機關管理之居家檢疫者清冊、日租套房及防疫旅館清冊等資料相互勾稽以檢覈居家檢疫住所之適切性，並辦理聯合稽查，橫向溝通機制未臻周延，又尚未研訂日租套房相關防疫管控措施等情事，審計處遂於109年12月函請衛生局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，高雄市政府業於110年1月公告日租套房防疫管控措施，裁罰違規收住居家檢疫者之日租套房業者及非防疫旅館，觀光局亦將不定期提供日租套房及防疫旅館清冊供里幹事檢覈居家檢疫住所，並由權責機關辦理防疫旅館、日租套房之聯合稽查，截至110年底止，已稽查旅館及民宿業計2,169家次、日租套房計280家次，強化防疫管控作業，增進防疫成效。