苗栗縣政府（下稱縣府）辦理農業用地使用情形查核作業，經審計部臺灣省苗栗縣審計室查核發現，其查核範圍未包含全部核准案件，或未定期辦理查核，或部分核准案件之土地非作農業使用等情事，經函請檢討改善，已增加查核人力，落實查核作業，就未作農業使用之違規案件依法妥處並通報稅務機關註記違規，以確保農地農用及維護租稅公平。
審計室指出，依農業發展條例第37條第1項及第3項、第40條，暨同條例施行細則第15條第3項第3款等規定，作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅，市縣主管機關應定期檢查或抽查，倘發現土地未作農業使用且未依限改善或已依限改善後再有未作農業使用情事者，應通知該管稅捐稽徵機關註記，並於該土地再移轉時課徵土地增值稅。
然而，審計室於110年3月查核發現，縣府105、106、108年度辦理農業用地使用情形查核作業，未將歷年核准案件全部列入查核範圍，且107及109年度未依規定辦理查核；又縣府訂定之「苗栗縣農業用地申請賦稅減免優惠案件定期抽查作業要點」，並未排除已抽查未違規之案件，易生未違規案件重複抽查；部分核准案件之土地非作農業使用等情事，審計室遂於110年4月函請縣府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣府已增加查核人力於110年10月底就歷年核准案件全部納列抽樣母體完成抽查作業，未作農業使用之違規案件已依法裁罰39萬元，並通報轄內稅務局註記違規，以確保農地農用及維護租稅公平，嗣後將定期辦理查核；另於110年12月30日修正上開抽查作業要點，增訂實地查核之案件，除必要者外，3年內得免再抽查之規定，以提升抽查效率。