桃園市政府管理及輔導未登記工廠，經審計部桃園市審計處查核發現，未登記工廠多數坐落農地或鄰近水利地，且有群聚現象，經函請檢討改善，該府開發之產業園區將優先以周邊臨時及未登記工廠為招商對象，並規劃部分面積供未登記工廠輔導進駐，以兼顧環境保護及產業發展。
審計處指出，為解決農地工廠問題，行政院於108年修正「工廠管理輔導法」，對未登記工廠進行輔導與管理，桃園市政府並於該年度獲補助672萬餘元，辦理清查轄內未登記工廠計畫。
然而，審計處查核發現，截至109年9月底止，桃園市政府列管未取得工廠登記證之工廠計2,943家，經以電腦軟體分析圖資，近8成坐落於農地或鄰近水利地，且部分地區呈群聚分布，對農地及生態環境潛存污染風險。鑑於該府為儲備工業用地及滿足產業用地需求，近年積極籌劃開發工業園區或產業園區，為利後續輔導遷廠作業之土地需求，審計處遂於110年4月函請市政府通盤檢討，及評估將開發中產業園區土地規劃供作未登記工廠遷廠進駐使用之可行性。
審計處表示，經追蹤改善情形，市政府已組成聯合加強查報小組及訂定清理期程，應清查工廠計1,920家，截至110年底止，已清查1,140家，其中793家確認為未登記工廠，刻正依規定輔導納管，餘780家預定於2年內清查完畢；另市政府除規劃航空城計畫之乙種工業區約31公頃供未登記工廠進駐外，亦已規劃新屋頭洲等3個科技園區約33.73公頃，供39家未登記工廠進駐，以兼顧環境保護及產業發展。