臺南市政府勞工局（下稱勞工局）為提供具有就業意願而就業能力不足之身心障礙者就業機會，保障其勞動權益，推動設立庇護工廠，經審計部臺南市審計處查核發現，部分庇護工場年度營運額未達目標值，或薪資升遷考核機制未臻周延等，經函請檢討改善，已督促各工場達成年度營運目標及訂定薪資管理暨升遷辦法，並增設菩提澄園庇護工場，以建構完善庇護性就業機制。
審計處指出，勞動部依「身心障礙者庇護性就業服務計畫」補助地方政府提供並建構完善之身心障礙者庇護性就業服務，勞工局每年均獲該部補助並訂有計畫據以實施，以輔導有意願單位設立庇護工場，暨協助建置健全財務制度及擴展行銷通路，達永續經營為目標。107年度該局辦理上開計畫經費(含自籌)計925萬餘元，轄內設有展翼烘培坊庇護工場等共計5家，可提供庇護性就業人數49人。
然而，審計處於107年9月查核發現，截至同年8月底止，原設庇護工場營業額共計1,783萬餘元，營業虧損達156萬餘元，其中3家營業額未達年度目標值6成，影響其穩定發展及永續經營，且部分庇護工場對於庇護性就業者之薪資及升遷管理尚乏制度規章，考核機制亦未盡周延，影響庇護性就業者權益等情形，審計處遂於107年12月函請勞工局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，各庇護工場業於營運計畫書訂定薪資管理暨升遷辦法，完善人事考核機制，同時積極辦理行銷推廣措施，鼓勵公部門優先採購庇護產品，營業額自107年底之3,362萬餘元，逐年成長至109年底達5,217萬餘元，目標達成率亦均達9成以上，營運績效已顯著改善；另經該局積極輔導業者，業於110年9月13日新成立菩提澄園庇護工場，增加就業人數計12人，提供身心障礙者更多工作機會。