教育部補助公私立大學辦理大學深化數位學習推動與創新應用計畫（下稱深化數位計畫），協助學校建立磨課師課程（Massive Open Online Course）運作之校務支援機制及配套措施，經審計部教育農林審計處查核發現，部分學校配套措施未臻完善，不利校園數位學習環境健全發展，經函請研謀改善，受補助學校已全數建立磨課師課程學分採計機制。
審計處指出，教育部為發展符合未來教育趨勢之數位教學模式，引導大學數位教育多元推展，使數位學習逐漸融入大學正規教學中，補助國立政治大學等12校辦理深化數位計畫，執行重點除了受補助學校須完成4個專業主題系列磨課師課程，並應訂定校級數位學習發展校務支援機制及配套措施，包含鼓勵學生線上學習之措施（如修習磨課師課程之學分認定彈性機制）、建立學校磨課師課程成效管理及評核機制等。
然而，審計處於109年10月查核發現，國立雲林科技大學、國立高雄餐旅大學及中原大學等3校尚未建立學生修習磨課師課程得納為學分之認列機制。鑑於查學校辦理推廣工作如輔以學分認定機制，有助學生自主線上修習，對於磨課師課程推廣及教育部推展數位教育多元工作具有正面效益，審計處遂於110年1月25日函請教育部督促改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，國立雲林科技大學等3校已採計磨課師課程學分，並明文規定於其校內相關執行要點，迄110年8月，參與深化數位計畫之12校已全數建立學生修習磨課師課程之學分認定機制，有助於校園數位學習環境健全發展。