花蓮縣政府(下稱縣府)補助花蓮縣蔬菜運銷合作社(下稱果菜市場)辦理蔬果農藥殘留檢驗情形，審計部臺灣省花蓮縣審計室查核發現，果菜市場檢驗不合格蔬果之處理措施未臻周延，有毒蔬果未經嚴密處置，無法有效避免流向消費市場，經函請研謀改善，已督促果菜市場完善蔬果農藥殘留檢驗措施。
審計室指出，依食品安全衛生管理法規定，食品殘留農藥檢測超過安全容許量之虞者，得命食品業者暫停作業及停止販賣，並封存該產品；超過安全容許量者，處6萬元以上2億元以下罰鍰等。縣府於106至108年期間合計編列經費255萬餘元補助果菜市場辦理蔬果農藥殘留檢驗與安全農產品宣導補助計畫，設置生化檢驗站檢驗進場拍賣蔬果農藥殘毒，截至108年9月19日止，共計抽檢9萬1,216件，不合格者計627件，不合格率0.69％。
然而，審計室於108年10月查核發現，果菜市場以「生化快速檢驗方法」抽驗後，就檢驗果菜殘留農藥量抑制率逾45％，足以危害消費者食用安全之進場蔬果，雖報請衛生主管機關複驗，惟未封存農藥殘留超標之蔬果，致未能移送縣主管單位依食品安全衛生管理法規定裁處，無法有效嚇阻農戶施噴農藥後，短期內即搶收農作物，並流入市面販售之行為，審計室遂於108年11月函請縣府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣府核定109及110年度之補助計畫，已規定就生化快速檢驗方法檢驗果菜農藥殘留量抑制率逾45％者，應立即拒絕交易及當場扣留，並將蔬果樣品冷藏保存，寄至衛生局及農藥檢驗單位，以化學法複驗後，依食品安全衛生管理法規定處理，督促果菜市場完善蔬果農藥殘留檢驗不合格案件之處理措施；109年抽驗4萬餘件，未發現有農藥殘留量抑制率逾45％案件，110年截至6月底止，抑制率逾45％者，經送檢以化學法複驗結果亦皆合格，有效確保消費者食用安全與健康。