科技部辦理行政院國家科學技術發展基金（下稱科發基金）研發成果收取股票之管理及處分，經審計部查核發現，股票股權之管理及處分成效，有待檢討，經函請研謀改善，科技部已訂定「行政院國家科學技術發展基金股權管理及處分作業要點」，提報科發基金管理會會議決議通過，並於110年3月24日發布施行。
審計部指出，政府鑑於公立學研單位於研究發展成果技轉後收取之股票受國有財產法之限制，處分程序繁雜，影響其收取新創合作公司股票之意願，於106年6月4日修訂科學技術基本法，明定研發成果收入排除國有財產法之適用，使科發基金取得之股權收入，得由科發基金自行處分，各研究發展單位得彈性運用研發成果收入。
然而，審計部於109年12月查核發現，科發基金自92年度起至109年度11月底止，收取研發成果之股票收入129件，票面總價值4億9,502萬餘元，其中修法前股權移交國有財產署處置者，票面總價值2億7,740萬餘元，已處分者僅8件，有4家(6件股權)公司於107至109年間解散或廢止；另由科發基金自行處分者51件，票面總價值2億1,761萬餘元，均尚未處分，甚有3家公司已解散，顯示管理及處分成效，有待檢討，且其所依循之科學技術研究發展成果股權處分管理機制參考原則，僅訂定評估、審查及處分程序等參考原則，尚乏相關配套措施，審計部遂於110年2月函請科技部研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，科技部業於110年3月24日發布「行政院國家科學技術發展基金股權管理及處分作業要點」，明定股權管理方式及處分程序，使政府科技研發成果收入屬股權部分之管理及處分作業有所依循。