南投縣政府及南投縣政府環境保護局(下稱環保局)辦理畜牧業登記及廢(污)水管制情形，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，部分養豬場或水禽牧場已達飼養規模，惟未取得畜牧業登記證或未取得事業排放廢（污）水許可，經函請檢討改善，已積極輔導業者取得畜牧業登記或申請排放廢（污）水許可，並訂定南投縣新設置畜牧場管理自治條例，健全畜牧場管理，以提升居住環境品質。
審計室指出，畜牧法第4條第1項規定，飼養家畜、家禽達中央主管機關指定之飼養規模以上者，應申請畜牧場登記。水污染防治法第2條及第14條第1項規定，畜牧業排放廢（污）水於地面水體者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發排放許可證或簡易排放許可文件後，並依登記事項運作，始得排放廢（污）水。水污染防治措施及檢測申報管理辦法第49之5條規定，飼養豬隻100頭以上未滿200頭之畜牧業、飼養豬隻20頭以上未滿100頭之畜牧業，應檢具廢(污)水管理計畫，報請主管機關核准，始得營運產生廢(污)水。
然而，審計室於108年4月及10月查核發現，南投縣領有畜牧場登記之畜牧場計586家，飼養登記證計144家，惟尚有部分養豬場或水禽牧場已達飼養規模，未取得登記證，或部分畜牧場實際飼養家禽規模超逾核定飼養量，惟未辦理畜牧場（畜禽飼養）登記證變更登記，又飼養豬隻100頭以上未滿200頭之畜牧業，逾9成未檢具廢（污）水管理計畫報請核准，管理未臻完善，審計室遂於108年12月26日及109年1月13日函請該府及環保局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，109年1月至110年6月南投縣政府共輔導13家畜牧場取得登記證，3家畜牧場申請廢（污）水管理計畫並審查通過。該府並於110年1月5日訂頒南投縣新設置畜牧場管理自治條例，規範新設置畜牧場應依規定設置畜禽廢污處理設備，加強事前污染防治，健全畜牧場申設管理，以提升居住環境品質。