台灣電力公司（下稱台電公司）依再生能源發展條例及再生能源電能費用補貼申請及審核辦法（下稱補貼申請及審核辦法）等規定，申請再生能源電能費用補貼，審計部查核發現，台電公司未於展延期限屆期前提出申請，亦未積極研議因應措施，遲未獲補貼，經函請台電公司檢討妥處，已與經濟部能源局（下稱能源局）溝通協調，經能源局修正補貼申請及審核辦法，並已獲補貼52億餘元。
審計部指出，依再生能源發展條例第7條規定，中央主管機關應設置再生能源發展基金，並運用於再生能源發電設備產生之電能費用補貼。又依補貼申請及審核辦法第4條規定，電業應於每年2月及8月底前檢具相關書表，向中央主管機關申請前半年度再生能源電能費用補貼，如未能於期限內完成申請，應於期限屆滿10日前，以書面敘明理由向中央主管機關（能源局）申請展延1次，展延期間以2個月為限，未於展延期限內完成申請者，應不受理。
然而，審計部於109年9月查核發現，台電公司申請108年上半年度補貼，以資料量龐巨為由，於108年8月15日向能源局申請展延，並經同意展延至同年10月15日，惟台電公司延至同年12月13日始向能源局申請，期間亦未就逾期申請與能源局溝通協調，並研議因應措施，致截至109年底止仍未獲再生能源電能補貼費用，經於110年2月8日函請台電公司檢討妥處。
審計部表示，經追蹤改善情形，台電公司已與能源局溝通協調，經能源局於109年12月30日發布修正補貼申請及審核辦法，中央主管機關得有裁量權，受理再生能源電能費用補貼之申請，並於110年2月17日核定台電公司108年上半年度電能費用補貼金額52億餘元。另據說明未來將針對經費申請業務，納入分級檢核項目，定期追蹤辦理情形。