南投縣政府為改善民眾居住衛生，提升河川水質，推動南投縣污水下水道系統建設計畫，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，已完工多年之污水下水道系統仍由政府編列預算支應營運維護所需經費，經函請檢討改善，該府已於110年3月26日公告，自110年6月1日起向污水下水道用戶開徵使用費，以落實污染者付費原則。
審計室指出，依92年2月訂定之南投縣污水下水道使用費徵收自治條例第3條規定，接用南投縣公共污水下水道系統之用戶或由該府辦理用戶接管之專用污水下水道系統之用戶，應依本自治條例規定繳納使用費。第8條第1項規定，使用費由該府統一訂定，並由管理機關（構）收取之。
然而，審計室於109年4月查核發現，該府93年興建溪頭污水下水道系統及污水處理廠，係以處理溪頭地區居民、遊客污水與飯店、餐廳廢水為主，污水處理廠委外操作營運已16年餘，近3年度(106至108年度，下同)營運維護及管理費等成本分別為429萬餘元、873萬餘元及483萬餘元；另南崗工業區鄰近社區污水下水道系統接管戶之污水處理，係納入經濟部工業局南崗工業區污水處理廠，近3年度代處理費分別為219萬餘元、283萬餘元及287萬餘元；草屯鎮污水下水道系統之水資源回收中心於107年5月18日正式運轉，107及108年度營運維護費為786萬餘元及1,266萬餘元。上開污水下水道系統已完工多年均由該府編列預算支應營運維護所需經費，審計室遂於 109 年 5 月 15 日函請南投縣政府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，該府已於110年3月26日公告，經公告為污水下水道可使用地區之下水道用戶自110年6月1日起開徵污水下水道使用費，事業用戶每度10元、一般用戶每度5元，落實使用者付費原則。