臺東縣政府及所轄原住民地區鄉鎮市公所辦理原住民保留地權利回復相關業務，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核發現，部分原住民保留地設定登記他項權利仍未完成所有權移轉，相關行政作業執行進度緩慢，經函請督促研謀改善，已舉辦教育訓練，並邀請主管機關派員指導，以提升執行效率，有助於維護原住民族土地權益。
政府為保障原住民權益，於75年1月10日修正之山坡地保育利用條例第37條規定，山坡地範圍內山地保留地，輔導原住民開發並取得耕作權等，行政院爰於79年3月26日訂定「原住民保留地開發管理辦法」，又政府考量上開規定原住民應先設定耕作權或地上權滿5年，方能取得所有權，不盡合理，爰於107年12月28日修正山坡地保育利用條例第37條規定，刪除繼續經營滿5年之限制等，嗣原住民族委員會(下稱原民會)於108年7月3日配合修正「原住民保留地開發管理辦法」部分條文。
然而，審計室於109年1月查核發現，截至108年底止，原住民保留地權利回復案件，共計有9,556筆原住民保留地已設定他項權利，惟尚未完成所有權移轉予原住民，相關行政作業執行進度緩慢，審計室遂於109年3月4日函請臺東縣政府督促檢討審慎依規定妥處。
審計室表示，經追蹤改善情形，臺東縣政府為提高各公所對修正後「原住民保留地開發管理辦法」之熟稔度，及實務審查作業執行效率，已於109年4月21日舉辦教育訓練，並邀請原民會派員指導，以提升執行效率，俾維護族人土地權益。據110年6月9日臺東縣政府原住民族行政處網站資料，109年度截至11月底止，臺東縣原住民保留地所有權移轉登記核定筆數達2,658筆，為108年度604筆之4.4倍，已提升執行效率，有助於達成政府協助原住民取得土地所有權及保障生計之目的。