澎湖縣政府暨所屬機關補助民間團體案件，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，尚未導入民間團體補(捐)助系統控管，致有同一案件向多機關申請補助等管控失靈情事，經函請研謀改善，已導入「民間團體補(捐)助系統」並辦理教育訓練，以避免上述情事發生。
審計室指出，澎湖縣政府為考核管制各機關單位預算及附屬單位預算對民間團體及個人補(捐)助案件經費支用情形，訂有澎湖縣政府各機關單位對民間團體及個人補(捐)助預算執行應注意事項，管制考核民間團體補(捐)助案件，以達內部控制及資源有效配置之目標。
然而，審計室於108年7月查核發現，澎湖縣政府雖已訂定上述注意事項，惟各機關受理補助民間團體案件，未能建立橫向勾稽審核機制，致有同一案件向其他機關申請補助，或向數個機關申請補(捐)助金額，超出所需總經費情事，審計室遂於108年8月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，該府已完成系統申請使用及辦理系統操作教育訓練，並自110年3月起，於申請及結報時，須至系統查詢受補助團體有無同一案件向其他機關或向數個機關申請補(捐)助金額，超出所需總經費等情事，以強化內部控制機制。