海洋委員會國家海洋研究院（下稱國海院）執掌海洋政策之研究、海洋研究與發展計畫之研擬及執行等事項。審計部查核發現，該院截至108年底進用員額已逾預算員額8成，惟109年度預算編列研究計畫悉數委外辦理，未善用既有之專業研究人力資源自辦研究計畫，經函請改善。110年度研究業務委辦費占工作計畫總金額比率已顯著下降，有助該院自主研究能量建立及業務執行效能提升。
審計部指出，依國家海洋研究院研究人員聘任要點規定，研究人員任用均須具備相關專業領域及相當資格條件。該院108年底實際員額67名，占預算員額80名之83.75％，另有5名於109年3月15日報到，實際員額72名，顯示該院現有人力應已具備相當研究能量。
然而，審計部於109年4月查核發現，該院109年度預算書列載，當年度15項海洋研究及海洋政策研究計畫均以勞務採購方式委外辦理，未善用既有之專業研究人力資源自辦研究計畫；雖有部分計畫內容囿於研究設施尚未建置，難以自行辦理，惟亦有部分計畫尚無相關研究儀器及試驗場域之需求，而仍採委外方式辦理，其允適性有待商榷，遂於109年6月函請海洋委員會督促國海院積極檢討辦理。
審計部表示，經於110年度追蹤改善情形，國海院經積極引進與培訓相關領域專業人才，109年度6月至10月陸續辦理自行研究計畫15項，110年度自行研究計畫及委辦研究計畫項數分別為32項及19項，且自辦研究計畫金額占總研究計畫經費比率高達70.53％，自辦研究計畫件數及經費均顯著增加，有助該院自主研究能量及業務執行效能之提升。