臺北市政府捷運工程局（下稱捷運局）管理之捷運系統路權土地，經審計部臺北市審計處查核發現，捷運局未積極處理遭占用案件，致占用情形持續多年，經函請檢討改善，已列管拆除或由占用人自行拆除，或向占用者收取土地使用補償金及租金，維護市府權益。
審計處指出，臺北市政府於臺北都會區大眾捷運系統路線興建完成後，以捷運局為捷運土地管理機關，並將捷運系統土地委由臺北大眾捷運股份有限公司(下稱臺北捷運公司)維護。按臺北市市有財產管理自治條例第17條、第99條規定，財產管理機關對其管理之財產有被占用者，應即依法訴追及追收最近五年占用期間之使用補償金；並應隨時注意所經管房地之保管使用狀況及有無被占用。
然而，審計處於108年4月查核發現，捷運局於99年3月至107年4月間陸續接獲臺北捷運公司通報，捷運淡水線部分用地有遭占用情形，惟捷運局未續行查明確認占用事實與面積，並協調排除占用及掌握處理進度，致部分捷運土地遭占用情形持續多年，審計處遂於108年7月24日函請臺北市政府督促捷運局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至110年1月底止，捷運局已確認前揭獲通報捷運土地遭占用案件計41案，其中26案該局已列管拆除或由占用人自行拆除；其餘15案仍繼續使用土地者，該局業已通知使用者繳納使用補償金及租金，於109年度收取使用補償金及租金計65萬餘元，維護市府權益。