審計部查核發現，財政部於106年11月13日修正發布營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則（下稱移轉訂價查核準則），未參酌國際發展趨勢及建議，完備無形資產及其他移轉訂價等相關規範，經函請研謀改善。財政部已修正發布移轉訂價查核準則相關條文，以防杜跨境避稅。
審計部指出，經濟合作暨發展組織（下稱OECD）於2015年發布「防止稅基侵蝕及利潤移轉（下稱BEPS）」第8項至第10項行動計畫成果報告，對確保移轉訂價結果與「無形資產」、「風險及資本」及「其他高風險交易」之價值一致等議題提供建議及指引，作為各國修正其國內移轉訂價法規之參考。財政部爰於106年9月召開會議討論移轉訂價查核準則修法方向，會中結論將無形資產定義及風險承擔之判斷標準等納入該準則修正草案。
然而，審計部查核發現，財政部於106年11月13日修正發布移轉訂價查核準則，仍未參酌BEPS成果報告建議，完備無形資產及其他移轉訂價等相關規定，致該準則尚乏評估無形資產交易之利潤分配是否符合常規等規範，不利徵納雙方遵循，審計部遂於107年6月7日函請財政部研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，財政部業於109年12月28日修正發布移轉訂價查核準則，增（修）訂無形資產及其他移轉訂價等相關規範，自109年度營利事業所得稅結算申報案件適用，以接軌國際移轉訂價發展趨勢並防杜跨境避稅。