國防部海軍司令部（下稱海軍司令部）經管軍港碼頭，審計部查核發現，海軍司令部對於相關港勤設施巡檢頻率、維護管理標準等作業欠缺規範，且未掌握相關設施堪用狀況及維安風險，經函請研謀改善，已建立維護作業要點，並建置碼頭設施管理系統，以提升海軍港灣岸勤設施維護管理能量。
審計部指出，海軍司令部各式艦艇靠泊使用之碼頭結構型式多屬棧橋式或板樁式，部分使用已超過40年，其維護管理有效程度，攸關艦艇靠泊安全及戰備任務遂行。
然而，審計部於108年10月查核發現，海軍司令部並未針對軍用碼頭、相關附屬設施等不動產詳實規範定期巡檢頻率及維護管理標準，且查無軍用碼頭、相關附屬設施歷年定期檢查、維修採購紀錄或設施安全檢測報告，顯示海軍司令部就軍用碼頭尚未建立完善之檢測及維修制度，影響軍用碼頭遂行戰備任務功能，經於109年3月13日函請國防部督促海軍司令部研謀改善。
審計部表示，經國防部追蹤改善情形，海軍司令部為確實掌握碼頭設施堪用狀況，已於109年7月2日令頒碼頭岸勤設施之巡查、檢測及維護權責作業要點，同時建置碼頭設施管理系統，作為後續建案、改善或補強依循，完備軍用碼頭戰備任務遂行功能。