高雄市輪船股份有限公司(下稱輪船公司)為因應市府政策，服務旗津地區居民免費搭乘公共渡輪往返旗津區，並有效管理旗津卡，推動換發高雄捷運一卡通旗津卡，經審計部高雄市審計處查核發現，旗津卡票務管理間有疏漏，查核控管機制未臻健全，經函請檢討改善，已強化票務管理系統控制功能，並追收應扣票價，以維社會公義及使用者付費原則。
審計處指出，高雄市政府為保障旗津區居民對外交通權益，於101年10月18日訂定高雄市旗津區居民優惠乘船實施辦法，輪船公司為有效管理旗津卡核(換)發作業，自102年2月起推動換發高雄捷運一卡通旗津卡，加印持卡人照片杜絕冒用，並定期向高雄市政府民政局(下稱民政局)索取旗津區居民名冊匯入票務管理系統，以供驗票管控使用，並組成稽核小組於現場稽查取締卡片違規使用情事。
然而，審計處於109年4月查核發現，部分旗津卡持卡人基本資料保存不全，或記載之身分證統一編號不符合邏輯，或戶籍已遷出旗津區仍使用旗津卡，甚有同一人持2張卡交替使用等情，審計處遂於109年6月函請輪船公司檢討改善。
審計處表示，經該處追蹤改善情形，輪船公司已於109年8月至12月間重新檢視管理系統，將戶籍遷出旗津區後仍可使用旗津卡者予以鎖卡及追收應扣票價，並更新管理系統，強化系統控制功能，及向民政局索取旗津區居民名冊匯入基本資料庫加強勾稽，以維社會公義及使用者付費原則。