新竹縣政府(農業處)管理輔導轄內畜牧事業，經審計部臺灣省新竹縣審計室查核發現，部分畜牧場未依規定設置獸醫師或特約獸醫師，及部分聘任契約已逾合約期限失效，經函請檢討改善，已完成聘任及更新契約，強化畜牧場之畜禽衛生管理，降低防疫漏洞。
審計室指出，縣政府(農業處)於行政院農業委員會畜牧場登記管理系統下列管截至108年8月底止新竹縣畜牧場計有437場，依畜牧法第9條規定，畜牧場應置獸醫師或有特約獸醫師，負責畜牧場之畜禽衛生管理，遇有家畜、家禽發病率達10％以上時，獸醫師應於24小時內報告縣政府，以完善畜禽發病時之通報機制，降低防疫漏洞。
然而，審計室於108年10月查核發現，縣政府轄內437場畜牧場，已依規定聘任獸醫師或有特約獸醫師者計有242場(55.38％)，未設置獸醫師或特約獸醫師者計有195場，未設置比率高達44.62％。另獸醫師或特約獸醫師之聘任契約已逾合約期限失效者，計有10場，審計室遂於108年12月函請縣政府積極檢討改善。
審計室表示，經該室追蹤改善情形，縣政府已自109年1月起積極督促各畜牧場依規定聘任獸醫師或特約獸醫師，及加強宣(輔)導注意聘任契約時效，截至109年9月底止，上開195場未依規定設置獸醫師或特約獸醫師，及10場獸醫師或特約獸醫師聘任契約已失效之畜牧場，已全數完成聘任及更換新契約，強化畜牧場之畜禽衛生管理及完善畜禽發病時之通報機制，降低防疫漏洞。