國軍高雄總醫院（下稱高雄總醫院）辦理影像導引放射治療系統整建營運移轉案（下稱放射治療系統ROT案)，經審計部查核發現，其履約管理欠周妥，致有增加興建成本及利息支出，短收土地租金，損及醫院權益情事，經函請國防部督促檢討改善，該院已覈實調降本案利息支出，並增修土地使用範圍及租金，及加強促參專業人員訓練，以維護醫院權益。
審計部指出，高雄總醫院為提升醫療技術學術研究水準，及強化該院於區域內競爭力，於103年間依促進民間參與公共建設法，運用既有民特大樓規劃辦理放射治療系統ROT案，總投資金額1億7千萬元，收益分配原則採營業收支賸餘之64％及36％，分別歸屬院方及民間機構；該院係於104年6月1日與民間機構簽約，並於106年3月1日正式營運，營運年限10年。
然而，審計部於108年10月查核發現，該院辦理本案履約管理作業，間有未依契約規定及國防部核定內容，審認整建工程範圍與內容之必要性及興建成本之合理性，或未覈實給付民間機構貸款利息，或未就全案公共建設用地範圍計收土地租金，致有增加興建成本及利息支出，與短收土地租金，進而減損醫院獲利情事，審計部遂於109年1月函請國防部督促該院檢討改善。
審計部表示，經該部追蹤改善情形，高雄總醫院已自109年1月起，依民間機構實際辦理本案貸款情形，覈實認列利息費用，並協議修約自109年8月起增加土地租金計收面積，另將強化促參專業人員訓練。據該院統計，截至109年9月底止，已增加財務效益104萬餘元，有效維護醫院權益。