審計部交通建設審計處（下稱交通建設審計處）查核發現，桃園國際機場股份有限公司（下稱桃機公司）未參照國家發展委員會（下稱國發會）函頒內部控制制度共通性作業範例，訂定公共建設計畫編審內部控制制度，且有提報建設計畫因修正內容欠周，致提報多次核退往返，經促請檢討改善，桃機公司已建立建設計畫編審作業程序，並納入內部控制制度，確保作業落實遵循，提升治理效能。
國發會於104年2月2日函頒行政院內部控制制度共通性作業範例（含公共建設計畫之編審），嗣經交通部函轉所屬參照上開範例，就機關（單位）作業適度調整，訂定合宜有效之內部控制制度。交通建設審計處於108年2月查核發現，桃機公司迄未參照上開國發會訂定之內部控制制度共通性作業範例，訂定合宜有效之內部控制制度，且該公司辦理「臺灣桃園國際機場第三航站區建設計畫」(下稱T3計畫)第1次修正，因內容欠周妥且未詳實檢討編列所需經費，致提報多次核退往返，內部控制有待強化，經於108年5月函請交通部督促研謀改善。
嗣經交通建設審計處追蹤改善結果，桃機公司已於108年7月29日建立建設計畫編審作業程序，並於109年2月13日納入內部控制制度，就計畫報核時程、計畫內容檢覈、計畫擬訂應注意事項、計畫之修正或終止、流程、格式及表件是否完整等控制重點，訂定明確規範。嗣桃機公司根據上開內部控制制度辦理T3計畫第2次修正作業，經於109年3月26日提報交通部層轉行政院，已獲行政院同年5月22日核定。