審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣農產運銷股份有限公司(下稱農產運銷公司)為擴展毛豬拍賣交易量及增加電宰量，給予大客戶電宰收費優惠，惟平均每頭電宰收費低於電宰成本，致電宰部門年年產生虧損，經促請檢討改善，已調整大客戶收費標準及加收自備豬隻清潔費收入，以合理反映成本。
農產運銷公司為改善肉品衛生，辦理毛豬機械化屠宰業務，依據該公司電宰及人工屠宰收費標準規定，電宰代宰費以每頭200元計收，另為鼓勵電宰大客戶進場購買豬隻數量，給予優惠價格。電宰部門104至106年度毛豬電宰頭數分別為217,177頭、222,993頭及215,977頭，其中大客戶電宰頭數分別為184,528頭、175,598頭及153,799頭，約占7至8成，近3年度虧損金額分別為839萬餘元、782萬餘元及1,099萬餘元，營運連年虧損。南投縣審計室於106年11月查核發現，大客戶進場電宰豬隻購自農產運銷公司拍賣者均不及二成，採優惠措施除未能提升毛豬拍賣交易量外，給予大客戶以電宰收費標準6折優惠，每頭收費120元，因低於電宰成本，加重營運虧損金額，經於107年2月函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善情形，農產運銷公司已自108年2月中旬起調整部分大客戶收費標準，每頭收費由120元調增為130元，又於108年10月起再調增至170元，並增加自備豬隻清潔費收入，經統計108年2月至12月底止，增加收入454萬餘元，合理反映成本，以減少電宰部門營運虧損。