審計部臺灣省屏東縣審計室(下稱屏東縣審計室)查核發現，屏東縣政府辦理新闢原鄉社區巴士計畫，未督導公所落實執行計畫，且未視實際營運狀況及民眾需求適時調整因應對策，營運效能欠佳，經促請檢討改善，已委託顧問公司赴各鄉業務諮詢，並與中山大學合辦需求反應式公共運輸服務課程，督請鄉公所按時回報運量依需求適時調整營運方向，客運量已有提升，便捷偏鄉基本交通需求。
屏東縣政府為提供莫拉克風災區原鄉永久屋部落居民基本交通需求，於102年規劃新闢原鄉社區巴士計畫，預計購置21人座中型巴士，分由屏東縣三地門、霧臺、瑪家、泰武及牡丹等5鄉公所經營管理，總經費為1,400萬元。屏東縣審計室於106年3月查核發現，除霧臺鄉原鄉社區巴士尚依營運計畫執行外，部分鄉公所社區巴士無人搭乘路線未依計畫採取彈性路線營運方案，按實際營運狀況及民眾需求，適時調整經營模式，肇致搭乘人數偏低且虧損擴大，未達預期建置目標；另屏東縣政府未督導各公所依實際營運狀況，適時調整經營模式或整合調配營運路線，致營運效能欠佳，經於107年12月28日函請屏東縣政府督促各公所研謀改善。
嗣經屏東縣審計室追蹤改善結果，屏東縣政府已委託顧問公司進行業務諮詢，召開實務交流及檢核會議，並與中山大學合辦需求反應式公共運輸服務課程，督請鄉公所按時回報運量，依實際運量需求適時調整營運計畫等，108年度屏東縣三地門、瑪家、泰武及牡丹等4鄉，經依民眾實際需求或採預約制，或調整就學路線後，客運量合計為30,518人次，較107年度客運量增加15,807人次，成長逾4成，已提升營運效能，有效達成計畫目標及便捷偏鄉基本交通需求。