審計部查核發現，國防部海軍司令部(下稱海軍司令部)自99年間規劃辦理港平營區遷建工程，惟未周延管控用地取得、土地開發計畫等前置作業，又耗時研議電磁脈衝防護工程分工委辦方式，以致延誤發包作業及搬遷進駐時程，經函請國防部研謀改善，已督促所屬建立管控機制，加速辦理遷建工程，並於109年1月進駐使用。
港平營區原址位於淡海新市鎮開發範圍內，海軍司令部為配合新市鎮開發時程，於99年間決定將港平營區內舊有微波發射台遷建至新北市三芝區，核定預算7億4,825萬餘元，預定於106年底完工。審計部於107年5月查核發現，該計畫於核定土地需求計畫後，未依規定儘速辦理興辦事業計畫報核作業；辦理土地徵收作業程序未臻嚴謹周延，亦未儘速補正土地開發計畫書，嚴重影響土地取得期程；又對電磁脈衝防護工程分工方式未縝密規劃，虛耗時程研議始洽內政部營建署同意代辦，延宕遷建工程發包時程等，以致執行進度逾計畫完工及搬遷期程近1年，經於107年12月19日函請國防部督促海軍司令部研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，國防部已督促海軍司令部檢討強化工程前置作業職能，並成立專案編組管控遷建執行進度，以加速辦理未完工程，業於108年10月完成遷建工程、109年1月進駐使用。