審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園市政府農業局(下稱農業局) 辦理畜牧場登記管理及通報業務，逾3成畜牧場未辦理登記，且與污染防治及動物防疫業務等專責機關欠缺通報機制，經函請桃園市政府檢討辦理，已新增登記納管148家畜牧場，並建立跨機關之通報機制，以落實畜牧場污染防治。
依畜牧法第4條規定，飼養家畜、家禽達中央主管機關指定之飼養規模以上者，應申請畜牧場登記。行政院農業委員會建置畜牧場登記管理系統，全面列管畜牧場之動物飼養與防疫基本資料，畜牧場之飼養數量達規定之飼養規模即應辦理畜牧場登記，並登錄於該系統。桃園市審計處於107年9月查核發現，截至107年8月底止，畜牧場登記管理系統納管之桃園市畜牧場有530家，惟另有170家(約32.08％)畜牧場飼養數量已逾規定之飼養規模，未辦理畜牧場登記並登錄管理系統；又未領有排放畜牧廢水許可文件之合法畜牧場計有106家，致公害陳情案件頻仍，鑑於畜牧場登記管理、污染防治及動物防疫業務分屬農業局、環境保護局及動物保護處辦理，各機關間欠缺通報機制，不利畜牧污染防治之遂行，經於107年11月函請檢討改善。
嗣經桃園市審計處追蹤改善結果，截至109年1月底止，農業局已於畜牧場登記管理系統新增納管148家（約27.92％）畜牧場，另業已輔導65家畜牧場取得污水貯留或簡易排放許可文件，其餘持續輔導畜牧場辦理登記或取得污水排放許可文件，且與動物保護處、環境保護局等建立通報窗口與訊息群組，以落實畜牧污染防治。