審計部查核發現，經濟部依據產業創新條例辦理業界科技專案計畫，部分受補助業者違反環境保護或勞工相關法律，經促請檢討改善，已訂定「經濟部投資抵減及補助或獎勵案件有違反環境保護勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大認定要點」，並追繳補助款4,543萬餘元，有助匡正企業經營秩序及落實社會責任。
依據103年5月修正公布之產業創新條例第70條第2項及第3項規定，公司或企業最近3年嚴重違反環境保護或勞工相關法律，且情節重大經各中央目的事業主管機關認定者，不得申請獎勵或補助，並應追回違法期間內申請所獲得之獎勵或補助；各中央目的事業主管機關應於追回處分確定後，於網站公開公司或企業之名稱。審計部於106年11月查核發現，經濟部105及106年依據產業創新條例辦理業界科技專案計畫，合計補助66家廠商，其中38家涉有違反環境保護相關法律情事，因未達該部所訂情節重大認定門檻，未依前開規定裁處停止申請或追回補助款，經於107年1月23日函請檢討改善；復於108年4月追蹤查核發現，經濟部雖已調降情節重大之認定門檻，並供所屬機關遵循運用，惟未適時就107年度業界科技專案計畫，檢討有無適用案件，經於108年6月11日再函請檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，經濟部及工業局107年度辦理業界科技專案計畫，認定4家受補助業者違反環境保護或勞工相關法律且情節重大，合計追繳補助款4,543萬餘元，並於網站公開該等業者名稱；另經濟部已於108年12月訂定「經濟部投資抵減及補助或獎勵案件有違反環境保護勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大認定要點」，以供經濟部及所屬機關遵循運用，有助匡正企業經營秩序及落實社會責任。