審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園市政府水務局(下稱水務局)未橫向聯繫環境保護局洽取事業廢水放流口資料，積極清查未經許可逕於河川區域內放流廢水之事業，經促請檢討改善，已專案輔導業者遷廠或補申請許可，並追繳5年度河川公地使用規費。
水務局轄管南崁溪(含茄苳溪及坑子溪支流）、老街溪、社子溪、富林溪、大堀溪、觀音溪、新屋溪等7大市管河川，為隨時監控管理河川區域，於104至106年度陸續建置及擴充整合水情資訊系統，總經費5,409萬元。依水利法第78條之1規定，在河川區域內排注廢污水或引取用水應經主管機關許可。桃園市審計處於106年10至11月間查核發現，水務局未橫向聯繫環境保護局洽取事業廢水放流口資料，以善用水情資訊系統積極清查未經許可逕於河川區域內放流廢水之事業，致未及時發現有18家事業之廢水放流口毗鄰農用水源，又放流廢水係依據行政院環境保護署訂定之放流水標準，以金屬相關產業之「鉻」(1.5mg/L)為例，與行政院農業委員會公告之灌溉用水水質標準(0.1mg/L)相差達15倍，為避免影響農用水源之水質，經於106年12月25日函請檢討改善。
嗣經桃園市審計處追蹤改善情形，水務局107年9月清查完成後，於同年11月5日召開行政處分裁量原則研商會議決議，自108年1月30日起，專案輔導業者遷廠或補申請許可，及追繳使用規費，並請環境保護局於未來受理排放許可申請時，若排放口位於河川區應加會水務局，俾利充分發揮跨域治理成效，截至108年12月底止，已專案輔導全數業者遷廠或補申請許可，並追繳5年度河川公地使用規費35萬餘元。