審計部查核發現，全國農漁會共用帳務系統建置期程延宕，影響農漁會信用部業務之整合及推展，經函請行政院農業委員會農業金融局（下稱農業金融局）督促積極研謀改善，已建置完成並陸續與資訊共用中心及農會簽訂合作協議書，輔導農漁會信用部轉換上線，有助農漁會提升服務效率，降低營運成本，強化整體競爭力。
為發揮全國農漁會整體營業據點之通路價值，推動農漁會信用部資訊共同利用業務，降低資訊使用成本，財團法人全國農漁業及金融資訊中心(由行政院農業委員會、全國農業金庫股份有限公司及181家農漁會信用部共同捐助設立，下稱農金資中心)100年4月與榮電股份有限公司(下稱榮電公司)簽訂「全國農漁會共用帳務系統」建置契約，預計於101年7月完成，嗣因榮電公司破產，農金資中心於102年8月委託全國農業金庫股份有限公司與台灣優利系統股份有限公司簽訂「全國農業金庫農漁會共用帳務系統建置案」契約，金額1億9,800萬餘元，預計104年6月完成系統開發，12月30日正式上線，並由農業金融局於99至105年度捐助3,141萬餘元。審計部於104年11月查核發現，該系統建置案因承攬廠商倒閉、未確實評估3百餘家農漁會信用部之需求及作業狀況，事先規劃統整作業流程及各項表報一致性格式等，致系統建置期程嚴重落後，影響農漁會信用部業務之整合及新種業務推展計畫，經於104年12月23日函請監理主管機關農業金融局積極督促檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，該系統已於105年7月建置完成，並陸續與北區、中區、聯合、板橋資訊共用中心及汐止區、臺南地區、臺中地區、高雄地區農會簽訂合作協議，截至108年10月底止，已輔導176家農漁會信用部轉換上線，達全體農漁會信用部311家之56.59％，有助農漁會提升服務效率，降低營運成本，強化整體競爭力。