審計部福建省金門縣審計室(下稱金門縣審計室)查核發現，金門縣政府及金門縣自來水廠辦理大金門海水淡化廠功能改善暨擴建工程，因延遲辦理委外技術服務採購，工程決標方式決策反覆，且未審慎評估即暫停工程招標，執行期程延宕近2年，影響金門地區供水目標，經促請檢討改善，已完工營運，提供金門地區穩定自有水源。
金門縣政府為穩定金門地區供水，獲經濟部水利署(下稱水利署)於民國(下同)101年12月全額補助4億36萬餘元辦理大金門海水淡化廠功能改善暨擴建工程，原預計於105年底完工啓用，規劃每日生產淡水由2,000公噸提升至4,000公噸，該府交由金門縣自來水廠辦理。金門縣審計室於107年4月19日查核發現，金門縣自來水廠延宕作業期程7個月始簽辦總顧問技術服務案招標，嗣103年11月完成基本設計辦理統包工程招標，復因金門縣政府對工程採購決標方式決策反覆不定，延誤後續招標期程，至105年2月始公告招標，且該府未審慎評估興建海水淡化廠之必要性及急迫性，以政策考量於105年3月21日工程開標前1日暫停招標，迨水利署進行協調，該府始於105年10月3日委請該署中區水資源局繼續辦理擴建工程，並預計於107年底完工啓用，執行期程延宕近2年，影響金門地區穩定供水目標之達成，經於107年10月3日函請金門縣政府查明妥處。
嗣經金門縣審計室追蹤改善情形，金門縣政府及自來水廠已研謀落實管考機制及加強人員專業訓練等改進措施，大金門海水淡化廠功能改善暨擴建工程已於108年1月10日完成驗收及委託廠商代操作事宜，自108年4月23日正式營運，每日最大產水量4,000公噸，並作為緊急備援系統，達成地區水資源運用及經濟效益，提供金門地區穩定自有水源目標。