審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，部分航空公司對於購買機票後未出境之旅客，於申請退還所繳之機場服務費時收取高額手續費，致旅客權益受損，經促請研謀因應對策。交通部民用航空局(下稱民航局)已修正相關作業規定，增訂已依規定繳納機場服務費之旅客未出境者，得申請退還全額機場服務費，航空公司不得收取任何費用，有效維護旅客權益。
依據發展觀光條例第38條第1項規定：「為加強機場服務及設施，發展觀光產業，得收取出境航空旅客之機場服務費；其收費繳納方法、免收服務費對象及相關作業方式之辦法，由中央主管機關擬訂，報請行政院核定之。」及出境航空旅客機場服務費收費及作業辦法第3條第1項規定：「搭乘民用航空器出境旅客之機場服務費，每人新臺幣500元，由航空公司隨機票代收。」交通建設審計處於民國(下同)106年5月間查核發現，因前開法令未明確規範購票後未出境旅客之機場服務費退費方式，致有部分廉價航空公司對於購票者如未有搭機事實並不主動退還代收之機場服務費，且於受理旅客申請退還機場服務費時，需額外收取管理手續費1,190元至1,250元（機場服務費之2.38至2.5倍）不等，有損民眾權益，經於同年6月2日函請民航局檢討妥處。
嗣經交通建設審計處追蹤改善情形，民航局已於108年7月24日修正發布出境航空旅客機場服務費收費及作業辦法，增訂已依規定繳納機場服務費之旅客未出境者，得申請退還全額機場服務費，航空公司不得收取任何費用，有效維護旅客權益。