審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，臺灣港務股份有限公司(下稱港務公司)行銷奬勵措施方案，計有轉口轉運實櫃基本奬勵等14項，其中部分獎勵措施所訂之奬勵條件未盡合理允適，經促請檢討改善，已調整獎勵條件或標準，以提升奬勵效果並節省營運支出。
港務公司為能降低鄰近各大主要港口激烈競爭之衝擊，並掌握營運契機，自民國（下同）101年9月1日起針對貨櫃航商、貨櫃碼頭及散雜貨經營業者訂有轉口轉運實櫃基本奬勵等14項行銷奬勵措施方案，以穩固既有貨源市場及創造臺灣港群櫃量。經交通建設審計處查核發現高雄港貨櫃船舶到港艘次奬勵之基本獎金未設船舶噸位下限標準，船舶進港作業即可領取；安平港海運快遞奬勵之標準收取每公斤5元貨物處理費，卻提供每公斤6元奬勵金等，奬勵條件似未盡合理允適，經於107年2月13日函請研謀改善。
嗣經交通建設審計處追蹤改善情形，港務公司於107年將高雄港貨櫃船舶到港艘次奬勵額度予以減半調降(108年已取消該獎勵方案)；安平港調降專區業者奬勵金為每公斤2元。107年度共計節省支岀5,471萬4,600元，櫃量成長1.7％，業已提升奬勵效果。