審計部查核發現，內政部營建署（下稱營建署）依「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」補助地方政府辦理都市排水整體改善工程，部分工程未依上開計畫確實執行生態檢核作業，經函請檢討改善，業已修正相關規定，將生態檢核自評表納入執行階段落實辦理，以符合計畫與水共生及生態永續之精神。
依「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」肆、二、（八）3.規定，本計畫各機關在規劃辦理治理工程時，應加強工程設施對於環境生態友善度之考量與設計，並於推動治理工程時落實生態檢核機制。另營建署依據行為時行政院公共工程委員會函頒之「公共工程生態檢核機制」，於民國（下同）106年9月13日研訂「下水道工程生態檢核自評表」，以落實下水道工程生態檢核機制納入計畫應辦事項。審計部於108年3月查核發現，營建署依上開計畫補助地方政府辦理「臺南市仁德區行大街WG幹線改善工程」等6件治理工程，未確實執行生態檢核作業，無法確保減輕公共工程對生態環境造成之影響，經於108年5月17日函請研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，營建署業於108年7月1日修正「內政部營建署辦理縣市管河川及區域排水整體改善計畫補助作業注意事項」之第13點及第27點規定，將生態檢核自評表納入執行階段落實辦理，以符合計畫與水共生及生態永續之精神。