審計部查核發現，歐盟於2017年10月認定我國自由貿易港區設置管理條例第29條規定之所得稅優惠措施，有害租稅競爭慣例，惟截至民國（下同）107年3月底止，政府仍未研議修正，經函請財政部研謀改善。上開條例修正條文已公布施行，符合歐盟檢視標準，有利國際經濟合作。
經濟合作暨發展組織（OECD）為防杜跨國企業利用各國稅制差異，進行跨境避稅，於2013年發布稅基侵蝕及利潤移轉（BEPS）報告15項行動計畫，其中第5項「有效打擊有害租稅慣例」，係建議各國檢視及修正有害租稅競爭稅制。審計部查核發現，歐盟自2017年1月起，陸續針對第三國稅務體制進行檢視，認定我國交通部主管之自由貿易港區設置管理條例第29條規定相關所得稅優惠，在自由貿易港區內對國內、外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇，構成有害租稅競爭慣例之虞，於2017年10月24日通知我國應予修正，經我國承諾執行，惟查截至107年3月底止，政府仍未研議該條文之修正事宜，經於107年6月7日函請財政部積極協調交通部儘速妥處。
嗣經審計部追蹤改善結果，自由貿易港區設置管理條例第29條修正條文業經立法院於107年12月28日三讀通過，經總統108年1月16日公布，自108年1月18日生效。依該法條規範，符合資格之營利事業於自由港區內從事合於免稅規定之行為，其貨物銷售予境內或境外，均免徵所得稅，符合國際檢視標準，並獲歐盟肯定我國善盡國際稅務合作義務，將我國自稅務不合作觀察名單中除名。