審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市動物防疫保護處(下稱動保處)所設立之2處動物之家，犬貓收容收費標準偏低，逾2成長期收容犬貓為飼主送養，不利落實飼主責任及紓解收容空間之問題，經函請檢討改善，已修正飼主送交收容之收費標準，適度反應處理成本，並紓解收容空間不足問題。
動保處為妥善照顧及收容流浪動物，於民國(下同)88年設置臺南市動物之家灣裡站及善化站，可收容動物上限為700隻，並為強化飼主責任及落實使用者付費公平原則，於102年9月24日訂定「臺南市犬貓收容及處理收費標準」。臺南市審計處於107年3月間查核發現，該處對於民眾不續養犬貓之收容費用，依飼主是否設籍於臺南市收取1,000元或3,000元不等，經與其他市縣如臺北市及高雄市之收費標準3,000元至10,000元比較，明顯偏低。臺南市動物之家104至106年度平均收容量分別為759隻、812隻及699隻，均高於或瀕臨收容上限，其中由飼主送養犬貓占長期收容量約21.61％，亦即每5隻就有1隻為飼主送交收容，為適度反映處理成本，落實飼主責任，並紓解收容空間不足問題，經於107年5月函請研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，動保處已於107年10月30日修正臺南市犬貓收容及處理收費標準，對飼主送養犬貓收取3,000元至6,000元不等之費用，以強化飼主責任。據動保處統計，截至108年3月底止收容之犬貓，其中由飼主送養者計53隻，占長期收容數量之比率已降至12.59％，整體平均收容量亦減至606隻，紓解收容空間不足問題，給予收容犬貓良好環境。