審計部臺灣省新竹縣審計室(下稱新竹縣審計室)查核發現，新竹縣實施平均地權基金近年來售地產生鉅額賸餘，未積極清償借款，且簽訂借款展延契約，未適時運用比價機制，部分借款利率偏高，經促請檢討改善，已償還長期借款及洽商調降借款利率，節省利息支出，提升基金營運效益。
依據民國(下同)106年度直轄市及縣(市)地方總預算附屬單位預算編製要點第3點規定，作業基金預算之編製，應本企業化經營原則，設法提高產銷營運(業務)量，增加收入，抑減成本與費用，以提升營運績效，除負有政策任務者外，應以追求最高盈(賸)餘為目標。新竹縣實施平均地權基金截至106年12月底止，尚有未償還之長期債務計59億9,000萬元，新竹縣審計室於107年4月間抽查發現，該基金104至106年度因售地產生投(融)資業務收入分別為22億餘元、11億餘元、10億餘元，且各該年底累計賸餘均達38億餘元以上，惟僅於106年度償還銀行借款8億1,000萬元，且於106年間簽訂借款展延契約，利率介於1.06％至1.20％不等，部分借款利率較其他金融機構同期間之借款利率偏高，經於107年6月5日函請檢討改善。
嗣經新竹縣審計室追蹤改善情形，新竹縣實施平均地權基金於107年8月間洽請金融機構調降借款利率，獲2家金融機構同意變更利率條件，分別調減0.1％、0.06％，調降後該基金向各金融機構之借款利率已相近；另於107年12月提前償還長期借款10億2,833萬餘元，經統計107年8至12月節省利息支出計232萬餘元，提升基金營運效益。